Говоря об истории комитета, стоит отметить, что ранее, в 1921 году, при уездном военкомате (на основании приказа №108 Алтайского губернского военного комиссариата на месте райвоенкомата) появился отдел спорта и допризывной подготовки (прообраз современного ДОСААФ), где предусматривалось семь штатных работников. Это событие можно считать предисторией возникновения структуры управления спортом на уровне субъекта.
Комитеты по физкультуре и спорту при исполкомах областного, городского и аймачных Советов депутатов трудящихся создали уже в более близкое нам время, а именно в 1954 году. Разного рода «оптимизации» были не чужды и тем годам: уже в ноябре 1956 года на основании решения о сокращении штатов управленческого аппарата Комитеты по физкультуре и спорту были повсеместно упразднены. Полгода «без спорта», но затем областной Комитет вновь восстановили 29 мая 1957 года.
После ряда переименований, нёсших за собой изменения в функциях (Комитет по туризму и спорту, Комитет по физкультуре и туризму, Комитет по туризму, физической культуре и спорту) - с апреля 2000 года возвращается название - Комитет по физической культуре и спорту, а во главе становится председатель - Альберт Толкочёков.
Уже в новое время к ведомству ненадолго «присоединили» молодежную политику, а с осени этого года в Комитете вновь остаётся только физкультура и спорт.
На современном этапе своей деятельности Комитет активно сотрудничает с другими органами исполнительной власти нашего региона, органами местного самоуправления муниципальных образований, ведомствами, отвечающими за спорт и физкультуру в других субъектах, а также с общественными организациями. В городе и районах республики успешно работают ДЮСШ, школы олимпийского резерва и Школа высшего спортивного мастерства – Центр спортивной подготовки сборных команд Республики Алтай.
В числе основных задач Комитета – реализация государственной политики в сфере физкультуры и спорта, содействие оздоровлению населения республики, привлечение инвестиций для развития инфраструктуры и в целом материальной базы спорта. Среди задач, стоящих перед комитетом - развитие сети дополнительного образования спортивного профиля (совместно с Министерством образования), подготовка сборных команд, пропаганда физкультуры, спорта и здорового образа жизни, подготовка и переподготовка кадров для физкультуры и спорта.
Сегодня Комитетом руководит Заур Казакпаев – осенью он сменил на этом посту Сергея Грушина. Ранее председателями были Владимир Челчушев, Амат Шилыков. Всего с 1937-го комитет возглавлял 21 руководитель.
